La cité doit son nom à un moine du pays de Galles :
Mac Low. Il débarque au VI^e siècle à Cézembre, puis s’installe à la cité d’Alet (aujourd’hui Saint-Servan) où il devient évêque. 
Au XII^e siècle, l’évêque Jean de Chatillon transfère le siège épiscopal sur le rocher où reposent les restes de Saint-Malo. Grâce au droit d’asile étendu par l’évêque à l’ensemble de la ville et à la proximité d’un port bien situé sur les trajets maritimes, Saint-Malo voit s’établir une nouvelle population de marchands, d’artisans, d’armateurs, de hardis marins et de corsaires*… La cité devient Saint-Malo-de-l'Isle et se développe.
L'esprit revendicatif indépendant des Malouins se distingue. Leur révolte en 1308 aboutit à la création d’une éphémère commune jurée. La ville, placée sous l’autorité de l’évêque  et des chanoines, est un enjeu entre les pouvoirs supérieurs : le pape Clément VII, cède en 1394 la suzeraineté au roi de France Charles VI, qui la transfère en 1425 au duc de Bretagne Jean V, venu prêter main forte contre les Anglais.
*A l'époque, les corsaires étaient détenteurs d'une autorisation officielle de courir sur les ennemis. Ce terme désigne autant le navire que le capitaine et les hommes d’équipage qui pratiquent la course. Les corsaires partageaient leurs prises avec l'Etat. Pour ne pas offenser les Malouins, ne les confondez pas avec les pirates !